En el Museo de la Catedral de Santa María la Real de la Almudena de Madrid, se conserva un manuscrito de hacia 1270, el conocido como Códice de Juan Diácono, en el que se relatan la vida y milagros del “bienaventurado Isidro, gloriosísimo confesor de Jesucristo Nuestro Señor”. En este histórico Códice se indica que la Cofradía de san Isidro tuvo su origen en el siglo XIII, hundiendo sus raíces en la del Santísimo Sacramento, a la que el mismo santo perteneció.
Los Estatutos más antiguos que, en parte, aún se conservan, datan de 1487.
En el año 1537 ambas Cofradías se reunieron, formando una sola que pasó a denominarse Cofradía del Santísimo Sacramento y san Isidro Labrador, pues ya era tenido por santo antes de ser canonizado oficialmente en 1622.
Igualmente se conservan las Disposiciones de 1554 y las Ordenanzas de 1557.
En 1751, ante la petición de un grupo de madrileños, que deciden acudir al Cardenal Infante Luis, Arzobispo de Toledo y a su hermano, el Rey Fernando VI, quienes aprueban las Constituciones de la Congregación de Seculares naturales de Madrid, dedicada al Papa san Dámaso, san Isidro Labrador y demás santos naturales de la Villa, concediéndosela los títulos de Real, Muy Ilustre y Primitiva, erigida 16 de mayo de 1751 en el Convento de san Hermenegildo, de Carmelitas Descalzos (actual parroquia de san José, en la calle de Alcalá).
Recibió los títulos de Muy Ilustre, por ser de Patronato Real y auspiciada por la nobleza, y Muy Primitiva, por recoger el legado de las anteriores Cofradías de San Isidro desde el siglo XIII que venían a confluir naturalmente en ésta que no debería confundirse con una de reciente creación, sino de reforma y adecuación histórica, como nexo de unión entre el pasado y el presente, dejando atrás cualquier otra cofradía sacramental que decidiera ser la única de San Isidro y así no habría confusión alguna.
Fue erigida el 16 de mayo de 1751 en el Convento de san Hermenegildo, de Carmelitas Descalzos (actual parroquia de san José, en la calle de Alcalá).
Las Constituciones, son aprobadas por el Cardenal Infante don Luis de Borbón, el 13 de junio de 1751. Fernando VI por Real Decreto de 12 de agosto de 1751 se declara Hermano Mayor "Por mí y por los reyes mis sucesores en estos reinos perpetuamente", nombrando por Teniente Hermano Mayor al Conde de Oñate, Duque de Sessa. Por Real Cédula dada en el Palacio del Buen Retiro el 7 de octubre de 1751 aprueba las Constituciones de la que se denominará desde entonces Real, Muy Ilustre y Primitiva Congregación de san Dámaso Papa, san Isidro Labrador y todos los santos madrileños, de Seculares Naturales de Madrid, declarando a la Congregación de Real Patronato.
La Congregación encargó las imágenes de san Isidro y san Dámaso al imaginero Luis Salvador Carmona, imágenes que desaparecieron durante la Guerra Civil.
En Junta General celebrada en el palacio del Duque de Sessa, a 26 de septiembre de 1751 se decide que el convento de san Hermenegildo, fundado en 1580, estaba muy retirado del centro de la Villa para celebrar reuniones, celebrándose una votación secreta para proponer un nuevo emplazamiento. Se decide por unanimidad, el Convento de la Santísima Trinidad Calzada, terminado en 1547 por Gaspar Ordóñez, situado entre la calle de Atocha y la actual plaza de Tirso de Molina.
El solemne traslado de las imágenes de san Dámaso y san Isidro al Convento de la Trinidad Calzada tuvo lugar el domingo 16 de julio de 1752.
Carlos III nombró al Marqués de Montealegre como Teniente de Hermano Mayor, que fue el segundo en ostentar este cargo.
Habiendo sido trasladado el Cabildo de san Isidro a la Real Iglesia de este nombre en 1769 y con éste el cuerpo incorrupto del Santo y las reliquias de su Santa Esposa, Carlos III por Resolución a la Consulta del Consejo de Cámara de 18 de junio de 1769 establece el traslado de la Real Congregación a la capilla de Nuestra Señora del Buen Consejo de la Real Iglesia de san Isidro.
Ventura Rodríguez modificó la antigua iglesia de la Compañía de Jesús. En el nicho existente sobre la puerta central de la fachada, fueron colocadas las esculturas de piedra de san Isidro, y santa María de la Cabeza, de Juan Pascual de Mena. Para el Altar Mayor se encargó la imagen de la Gloria de san Isidro sobre un trono de nubes a Pascual de Mena, y a los lados las estatuas la Fe, de Manuel Álvarez y la Humildad, de Francisco Gutiérrez.
Carlos III otorga nuevas Constituciones a la Congregación, por Real Cédula dada en Madrid a 12 de julio de 1771, adecuando las de 1751 a la nueva situación, Constituciones que fueron impresas en 1774
Beatificada en 1783 la madrileña María Ana de Jesús, la Congregación de Naturales encargó a los escultores Tomás Ruiz y Ramón de Vitoria la realización de una talla de la Beata.
No teniendo espacio, en 1784 se trasladó la Congregación a la capilla de la Concepción (actual capilla de Nª Sª del Carmen) cuyo retablo, obra de Sebastián Herrera, presidía una talla de la Inmaculada, de José de Mora. A los lados fueron colocadas las tallas de los santos labradores. En el ático, cuadro de Alonso Cano representando la Coronación de la Virgen. En los muros laterales, colocaron las esculturas de san Dámaso y la Beata María Ana de Jesús. De este modo permaneció la Congregación hasta la Guerra Civil Española.
Numerosas fueron las indulgencias concedidas por los pontífices a la Real Congregación. Clemente XIV concede en 1770 indulgencia plenaria a los que visitasen la Real Iglesia de san Isidro en los días de la octava del Santo. Benedicto XV, indulgencia plenaria a los congregantes el día de su ingreso en la Congregación, confesando y comulgando, etc.
Destruida la Catedral de san Isidro en 1936, la Congregación se instaló a partir de 1939 en la capilla que fue de Nuestra Señora de los Dolores, que pasó a estar bajo la advocación de la Inmaculada, iniciándose lentamente la restauración, primero de la capilla, y más tarde del acceso al Camarín. En 1954 se terminaron las obras costeadas por suscripción popular de la capilla de la Inmaculada, y hasta 1962 no se construyó la escalera y camarín para acceder y venerar el cuerpo incorrupto de san Isidro.
En 1947 se publicó la Lista de Congregantes, en la que figuran como Congregantes de Honor Sus Altezas Reales los Infantes de España D. Fernando de Baviera y Borbón, Dª. María Luisa de Silva y Fernández de Henestrosa de Baviera, D. Luis de Baviera y Borbón, D. José Eugenio de Baviera y Borbón y Dª. María de las Mercedes de Baviera y Borbón. Como congregantes figuran decenas de títulos, entre los que recogemos el Marqués de Peñafuente, Marqués de la Romana y Conde de Villamediana, Teniente Hermano Mayor, descendiente de los Vargas, y propietario de la "Casa de san Isidro" junto a san Andrés, el Duque de Alba, el Conde de Casal (D. Manuel Escrivá de Romaní), el Conde de Mayalde (D. José Finat y Escrivá de Romaní), alcalde de Madrid, el Marqués de Molíns, el Conde de Vallellano, y un largo etcétera.
En 1966 siendo Teniente de Hermano Mayor D. Octaviano Alonso de Celis, el Consiliario Segundo D. Luis Soler Puchol, publicó una documentada historia de la Congregación. Después de un largo camino de más de doscientos años, el autor hace balance y escribe lo siguiente: “Pasan los años, han pasado siglos, en donde los días van siendo testigos de la presencia continuada de unos congregantes que, como en los pretéritos tiempos, no resisten estrecheces para la fe y perviven en un mismo amor hacia su Patrono. Así, la egregia Congregación está, espiritualmente, en el mismo punto en que partió, en medio de una convivencia sencilla, sin empaques de rango ni actitudes separadoras. Madrileños de todos los caminos. Foco de irradiación sentimental de fervor isidriano, mantenido con reverencia en toda la hispanidad, enlazando el pasado con el presente y el futuro, en esta constante devoción al Santo madrileño y labrador”.
Espíritu que la Congregación ha seguido manteniendo en los años posteriores y hasta la actualidad.
Es preciso destacar la figura de don José Ángel de Ayala Galán que durante muchos años y hasta su fallecimiento el 15 de mayo de 2004 (festividad de san Isidro), fue Teniente de Hermano Mayor - Presidente de la Real Congregación, a la que dedicó lo mejor de si mismo, como gran devoto del santo labrador.
Él fue testigo de momentos muy complicados en la vida de la Iglesia de Madrid y de la Congregación, sobre todo durante la Guerra Civil, corriendo serio peligro su propia vida.
A muchos dejó sus sabios consejos y sobre todo su gran ejemplo como hombre y como congregante, pues desde su alta responsabilidad siempre supo actuar con la mayor prudencia y acierto.
En tiempos más recientes hay que señalar que los entonces Príncipes de España D. Juan Carlos y Dª. Sofía recibieron en Audiencia en el palacio de la Quinta el 21 de mayo de 1974 a una comisión de esta Congregación. El Teniente de Hermano Mayor entregó las medallas de congregantes, y firmaron en el Libro de los Reyes de España, cuyo tomo II, encuadernado en piel azul con flores de Lis en oro, fue comenzado en 1925 por su egregio abuelo S.M. el Rey D. Alfonso XIII. El 28 de mayo de 1974 S. A. R. D. Juan Carlos aceptaba el nombramiento de Hermano Mayor de la Real Congregación.
Es por esto que hoy S. M. el Rey D. Juan Carlos es el Hermano Mayor de la Real, Muy Ilustre y Primitiva Congregación de san Isidro de Naturales de Madrid. Siendo confirmado como tal Hermano Mayor, tras su abdicación el 19 de junio de 2014, por carta de la Casa de S. M. el Rey Felipe VI, de 9 de julio de 2014.
El traslado de la Catedral de Madrid a la sede definitiva de Santa María la Real de la Almudena, conllevó el traslado de las tallas barrocas de los Santos Labradores, propiedad del Ayuntamiento de Madrid. Planteó el problema, por primera vez desde 1751, de no contar la Congregación con imágenes de los santos titulares que debían procesionar en la tarde del quince de mayo. Tras un análisis de la situación se decidió encargar al escultor madrileño Javier Tudanca la realización de las efigies de los Santos Labradores que sustituyeran a las tallas de Luis Salvador Carmona y a las barrocas que las sucedieron. Se optó por actualizar la iconografía, manteniendo la vestimenta tradicional desproveyéndola del barroquismo ampuloso que había caracterizado la representación gráfica de los Santos Labradores, al tiempo que, sin perder la riqueza decorativa en la policromía, resultase a la vez más sencillo, de acuerdo con la humildad de las personas representadas. El resultado son las actuales tallas de san Isidro (1994) y santa María de la Cabeza (1995) colocadas en la capilla de la Inmaculada, que fueron costeadas por la Congregación.