El 2 de abril de 1767 los jesuitas son expulsados de España, entre otros conventos abandonaron el Colegio Imperial situado en la calle Toledo 37 de Madrid .
Tras ello durante dos años se realizaron obras de adaptación del templo, para finalmente el 4 de febrero de 1769 trasladar el cuerpo de san Isidro, por orden de Carlos III ,desde la Real Capilla de San Andrés a esta ya Real Colegiata.
Las urnas con los cuerpos de los santos se situaron en el Altar Mayor, san Isidro arriba y debajo los restos de santa María de la Cabeza y así permanecieron hasta 1936.
En ese momento y debido a las revueltas populares de la guerra civil, se decidió ocultar el cuerpo del santo, fue descubierto nuevamente y expuesto a la devoción popular el 13 de mayo de 1939.
La Colegiata de san Isidro anteriormente Colegio Imperial se convirtió en catedral de Madrid en el año 1885.
En la actualidad en el centro del Retablo Mayor detrás de la imagen de san Isidro en la gloria, está el camarín sepulcral. Es un espacio de reducidas dimensiones, forrado de brocado rojo, consta de una escalera de acceso desde la antesacristía y otra de salida al zaguán de la casa de la calle Colegiata.
Integrado en el Retablo y debajo de la imagen del santo, se encuentra el arca plateada que contiene su cuerpo incorrupto, imitación en madera de la que fue destruida en la guerra que era de plata, regalo de los plateros de Madrid y que tenía en el lateral una inscripción con dos cuartetos de Lope de Vega.
El ataúd situado en el interior que sólo puede verse desde el camarín fue un regalo de la reina Mariana de Neoburgo por recobrar la salud, y es de 1692.
Más abajo puede verse a través de una pequeña ventana un arquita roja que contiene los restos de santa maría de la Cabeza.
El camarín sólo se abre al público, cada tercer sábado de mes tras la misa mensual de la Congregación, en el quinario de la festividad de san Isidro, en el triduo de la Santa y el 15 de mayo.
La Congregación de san Isidro, abre también el camarín bajo petición, para peregrinaciones concertadas o fieles devotos.
El camarín es ante todo un lugar de silencio y oración, de paz y meditación, de vivencia y cercanía de la realidad humana y el ejemplo cristiano de estos santos que nos siguen evangelizando de manera sencilla y callada. Lugar de fe, esperanza y caridad.
A nadie que sube con verdadera devoción le deja indiferente.